1. Vi sinh vật học ứng dụng trong sản xuất thực phẩm, probiotic và đồ uống
2. Vi sinh vật học ứng dụng trong nông nghiệp và thủy sản
3. Vi sinh vật học phân tử trong phân loại và chẩn đoán bệnh
4. Vi sinh vật học trong xử lý ô nhiễm môi trường
5. Nghiên cứu cơ chế phân tử của quá trình phát triển, trao đổi chất ở nấm
6. Nghiên cứu cải biến di truyền vi sinh vật phục vụ sản xuất enzyme, protein và các chất có hoạt tính sinh học
7. Nghiên cứu phát triển công nghệ lai tạo nấm dược liệu và nghiên cứu các chất có hoạt tính sinh học từ nấm
8. Nghiên cứu công nghệ chế tạo cảm biến sinh học và sản xuất nhiên liệu sạch có nguồn gốc vi sinh vật
